Urodził się około 1030 roku w Szczepanowie, obecnie w diecezji tarnowskiej. W 1072 objął stolicę biskupią w Krakowie.
Według tradycji brał w obronę ludzi nadmiernie uciskanych i karanych przez króla. Najpierw upomniał Bolesława Śmiałego, kiedy on zlekceważył napomnienia, biskup rzucił na niego klątwę kościelną i ukrył się w kościele na Skałce.
Rozgniewany król udał się za biskupem, wszedł do świątyni i w czasie Mszy św. odprawianej przez niego zabił go. Swoim towarzyszom nakazał poćwiartować ciało męczennika.

Data śmierci nie jest pewna. Według bulli kanonizacyjnej miało to miejsce 11 kwietnia. W 1083 roku przeniesiono relikwie św. Stanisława z kościoła na Skałce do katedry na Wawelu.
Dnia 17 IX 1253 roku w Asyżu papież Innocenty IV dokonał jego kanonizacji. Często przedstawia się św. Stanisława nad mogiłą, z której wychodzi zmarły. Według tradycji wskrzesił on zmarłego Piotrowina, aby zaświadczył w sądzie, że właścicielem wioski jest biskup Stanisław.